La raccolta, allestita su diversi piani, racconta la storia e la cultura locali dal sec. VI a.C. al sec. XIX.

Grande importanza e fama internazionale hanno le Tavole Eugubine, sette lastre di bronzo su cui è inciso un fondamentale testo in lingua umbra

con la più ampia descrizione di riti religiosi dell'occidente antico.

Le Tavole rappresentano il cuore di una collezione archeologica tra le più ricche dell'Umbria, con reperti risalenti all'epoca umbra e romana.

La raccolta numismatica si compone di importanti esemplari italici e romani, monete medievali, ducali e papali, queste ultime coniate dalla zecca di Gubbio.

Allestita nella sala della loggetta e lungo il "corridoio segreto", la raccolta di ceramiche spazia dalla maiolica arcaica (sec. XIV) ai manufatti del sec. XIX.

Di particolare importanza è la produzione eugubina rinascimentale a lustri rosso e dorato della bottega di Mastro Giorgio Andreoli (sec. XVI).

Le sale del piano superiore ospitano la pinacoteca ricca di dipinti principalmente di scuola umbra, databili dal tardo '200 all''800.

Degni di nota sono il reliquiario miniato (sec. XIV), la croce sagomata opera del "Maestro della Croce di Gubbio" (inizio sec. XIV), il Gonfalone dipinto da Sinibaldo Ibi (1503) e la Concezione di Francesco Signorelli (1527 circa).